formáty souborů

• „putování“ sekvenačních dat
• FASTA, FASTQ
• SAM, BAM
• …

zarovnávání sekvencí

• dotplots a souvislosti
• jednoduché
  • globální rekurzí – pomocí rekurze shora dolů
  • globální dynamickým programováním – bez rekurze zdola nahoru („Needleman–Wunsch-Gotoh“)
  • globální versus lokální zarovnání („Smith–Waterman“) [TODO zobecnění „nul“]
  • urychlení výpočtu pomocí algoritmu banded SW
  • …
• vícenásobné (MSA)
  • …
  • …
  • …

skórovací matice (@Genomika)

• úvod
• PAM
• BLOSSUM
• …

hledání vzorů

a) s již existujícím MSA

• úvod (včetně consensus sequences)
• PSSM a PWM (profile matrices), sekvenční loga, informační obsah
• informační obsah
• generalized profiles (zobecněné profily nástrojů pftools)
• HMM (hidden Markov models)

b) bez existujícího MSA

• náhodné hledání vzorů
• Gibbs sampling (aneb „algoritmus MC²“ = Markov chain Monte Carlo)

grafy v bioinformatice

• …
• …
• …

mapování sekvencí, redukce dat (@Genomika)

• úvod do „genome assembly“
• „hashing“
• „Burrows-Wheeler“ – prozatím viz „komprese dat“ v záložce techniky
• …

Sbalování bílkovin (@Genomika)

• sbalování RNA
  • maximalizace párů – algoritmus Nusinovové
  • započítání energie nejbližších sousedů (Nusinovová a spol.)
  • úprava podle Zukera-Stieglera
  • kovariance
  • …
• …
• …

fylogenetické stromy

• úvod
• algoritmus UPGMA a související
• …

neuronové sítě & strojové učení

• …
• …
• …