Poznámka: Většina programů je uvedena v programovacím jazyce Python. Občasné exkurze do jiného prostředí jsou označeny.

formáty souborů

zarovnávání sekvencí

skórovací matice (@Genomika)

hledání vzorů

a) s již existujícím MSA

b) bez existujícího MSA

grafy v bioinformatice

mapování sekvencí, redukce dat (@Genomika)

Sbalování bílkovin (@Genomika)

fylogenetické stromy

neuronové sítě & strojové učení